54 ans après que Naruto Uzumaki soit Hokage une nouvelle menace pèse sur le monde shinobi. Yuki no Kuni a soudainement déclaré la guerre aux autres pays et est parvenu à détruire le village d'Iwa. Personne ne connait la raison d'une telle haine envers les autres nations mais la paix vient d'être brisé.
Les samouraïs de Tetsu no Kuni proposent de renouer l'ancienne grande alliance shinobi. Tous acceptent et plusieurs familles de combattants du pays du fer sont envoyées à travers les divers villages ninjas.
Une autre menace pèse toutefois dans les villages ninjas, un mal sombre commence à ronger le système de l'intérieur. Le village de Suna est le premier touché quand un homme décide de prendre le pouvoir et parvient à assassiner son Kazekage Gaara. Il proclame alors l'indépendance du village caché du sable affirmant que Suna pouvait être forte et survivre seule. Il parvint à résister à une attaque mené quelque temps plus tard par Yuki prouvant la force et la détermination du village caché du sable.
Kiri suit plus tard son exemple en mettant en place un nouveau dirigeant qui retire le village de l'alliance. Konoha se retrouve donc seul en voyant Kumo sortir de l'alliance pour sa propre protection. Si le village caché de la feuille était parvenus à repousser l'envahisseur par ses alliances il ne devait maintenant compter que sur lui-même. Naruto Uzumaki, le légendaire héros et Hokage atteint d'une maladie grave désigne sur son lit de mort un successeur. Il lui confie alors son dernier espoir, celui que la paix revienne sur le monde.
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